市科学技术局设12个职能处室:
(一)、办公室组织协调机关日常工作;负责综合性文稿的起草;负责文秘、档案、信访、督查、保密等工作;承办人大代表建议、政协委员提案等工作;负责科技信息、科技期刊、科技档案管理工作;组织开展科技宣传。
(二)、人事处 负责组织人事、机构编制、社会保险、计划生育、安全保卫和科技管理干部培训等工作。
(三)、政策法规处 拟订科技工作的政策法规并监督实施;拟定科技体制改革总体规划和建立科技创新体系、科技创新机制的政策措施并组织实施;管理软科学计划项目;协同有关部门对区(市)、市直部门党政领导科技创新目标责任制进行考核;指导民营科技企业规划、发展,核准民营科技企业的认定、变更;指导发展科技第三产业;指导科技咨询和科普教育工作;承办市科技教育领导小组、市科教兴市领导小组、市科研体制改革领导小组、市科技创新联席会、市科普联席会办公室的日常工作。
(四)、综合计划处 拟定科技发展中长期规划和年度计划并监督实施;拟定科学技术研究重点发展领域和关键技术发展计划并组织论证、立项工作;组织协调重大科技项目联合攻关;协调申报国家和省各类科技计划项目;拟定新产品试制计划、中小企业创新基金计划并监督实施;参与重大技术引进和技术改造项目的立项工作;负责市科技风险投资体系建设和宏观管理;研究提出科技项目经费的分配使用意见;负责市政府科技专家组的管理和服务;负责科技统计工作。
(五)、高新技术及产业化处 拟定高新技术及产业化发展规划和火炬计划并监督实施;负责制定软件、信息产品、新材料、光机电一体化等工业科技计划并组织实施;负责申报国家863计划项目、火炬计划项目及国家大学科技园项目;会同有关部门运用高新技术改造传统产业;核准高新技术企业和高新技术产品的认定;指导和协调市高新技术产业开发区的工作;协助管理国家在青岛设立的高新技术产业化基地;承办市高新技术产业化发展领导小组办公室的日常工作。
(六)、农业与社会发展处 负责起草全市科技兴农的政策法规和农业及社会科技发展规划、计划并组织实施;拟定市星火计划并组织实施;指导农业科技推广示范试验基地的工作;拟定社会发展科技计划并组织实施;指导可持续发展实验区的有关工作;申报国家级星火计划项目和社会发展科技计划项目。
(七)、科技成果处(挂技术市场办公室牌子)负责科技成果鉴定、奖励和推广应用工作;组织管理科技进步奖和星火奖的评审和奖励,申报国家和省科技奖励项目;拟定科技成果推广计划和军转民贷款计划并组织实施;指导和管理科技保密工作;负责科技成果评估作价和技术市场等科技成果转化机构的建设与管理;核准技术经纪人资格、技术贸易许可和技术合同认定登记;承办市科技进步奖评审委员会办公室的日常工作。
(八)、国际科技合作处(挂台湾科技事务处牌子) 拟定国际科技合作计划并组织实施;协同有关部门管理科技外事工作,组织开展科技对外交流与合作;管理和指导对台科技交流与合作;管理因公出国(境)的科技人员培训工作;协同实施科技兴贸计划。
(九)、条件财务处 拟定科技项目经费和科技事业费的年度计划并对使用情况进行监督管理;监督管理国家投入的科技经费;监督管理全市核能的利用及实验动物的有关工作;指导直属单位的财务管理和内部审计工作。
(十)、海洋科技处 拟定海洋科技发展规划和计划并组织实施;指导协调海洋科研试验区、海洋中试基地和产业化基地的工作;协调我市重大海洋科技项目的联合攻关和海洋科技资源的共用;申报国家级海洋科技发展计划项目;协助做好国家海洋科学研究中心的有关工作;承办市科技兴海领导小组办公室的日常工作。
(十一)、引进协调处 协同有关部门引进国内外重点科研院所,协调解决有关迁入问题;组织国内外重点科研机构、高等院校和驻青科研机构在我市实施重大科技项目联合攻关;负责对高校、科研机构在我市转化高新技术成果的奖励工作;协调组织驻青科研院所的科技人才、科技设施和信息资源开放共享;负责规划和管理科研开发中试基地和产业化基地;协助驻青高校、科研机构解决有关科研及产业化问题。
(十二)、基础科研处 拟定基础科学研究规划、计划并组织实施;规划和管理市级重点实验室和科研试验区的工作;审核市属科研机构及中外合资研究开发机构的设立、变更;申报国家重大基础研究项目和国家级重点实验室;协助管理国家在青岛设立的科研中心、工程中心。 

按规定设置纪检组(挂监察室牌子)和机关党委。